Um die Ausgrabungen im Pfalzgebiet Salz in einen größeren umweltgeschichtlichen Kontext zu setzen, wurden in enger Zusammenarbeit des Seminars für Ur- und Frühgeschichtliche Archäologie der Friedrich-Schiller-Universität Jena mit den Lehrstühlen für Physische Geographie der Universitäten Jena und Greifswald diverse Sedimentkerne im Hohenrother See gewonnen.
Ziel dieser Untersuchungen an den zum Teil fünf Meter mächtigen Sedimentablagerungen ist es, unter zu Hilfenahme verschiedener Laboranalysen (z. B. Pollenanalysen) das Aussehen, den Zustand und die Veränderung der umgebenden Landschaft in der Vergangenheit zu rekonstruieren. Weiterhin sollen DNS-Analysen zeigen, ob und wenn ja wann der Hohenrother See zur Fischzucht zur Versorgung der Königspfalz Salz genutzt wurde.
Erste vorläufige Ergebnisse dieser Untersuchungen deuten darauf hin, dass am heutigen Hohenrother See bereits vor mehreren tausend Jahren ein Moor existierte. Vor etwa 2000 Jahren entstand der See möglicherweise durch Abtorfung durch den Menschen. Zukünftige Analysen werden den anthropogenen Einfluss auf die Landschaft um den Hohenrother See zeigen (Anbau verschiedener Feldfrüchte) und welche Auswirkungen (Erosion und Eintrag) dies auf das Seesystem hatte.